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静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！